Thermo Scientific™ EpiJET 5-hmC and 5-mC Analysis Kit

Beschreibung

Das EpiJET 5-hmC- und 5-mC-Analysekit enthält drei erweiterte Enzyme: T4-Phagen-β-Glucosyltransferase (T4-BGT), Epi MspI und Epi HpaII. Epi MspI und Epi HpaII sind Isoschizomere mit unterschiedlicher Empfindlichkeit gegenüber interner C-Methylierung der CCGG-Stelle. Epi MspI verdaut genomische DNA vollständig, wenn sich Cytosin, 5-Methylcytosin (5-mC) oder -5-Hydroxymethylcytosin (5-hmC) innerhalb seiner Erkennungssequenz befindet, seine Aktivität wird jedoch bei der Glykosylierung von 5-hmC vollständig blockiert. Epi HpaII spaltet nur die unmodifizierte CCGG-Stelle.

Das Kit nutzt die Fähigkeit von T4-BGT, 5-hmC-Reste durch Hinzufügen des Glucoseanteils zu 5-hmC und die Empfindlichkeit des Restriktionsenzyms Epi MspI auf glykosylierte 5-hmC spezifisch zu modifizieren. T4-BGT wurde für die hochgradig spezifische, vollständige und schnelle Glykosylierung von 5-hmC in 15 Minuten entwickelt.

Die Analyse umfasst die Glykosylierung von DNA-Proben und den anschließenden Restriktionsverdau mit Epi MspI und Epi HpaII. Restriktionsverdauungsprodukte werden dann mit qPCR analysiert, wobei ein Primer-Paar die gewünschte CCGG-Seite flankiert.

Besondere Eigenschaften

• Effizient und zuverlässig - präzise Quantifizierung von 5-hmC und 5-mC
• Robust - breites Spektrum an ursprünglicher DNA (von 0,2μg bis 4 μg)
• Schnell - Vorgang in 5 Stunden abgeschlossen, keine Inkubation über Nacht

• Analyse und Quantifizierung von 5-hmC- und 5-mC-in CCGG-Sequenzen

• T4-β-Glucosyltransferase, 5 U/μl
• 10x Epi-Puffer
• 10x UDP–Glucose
• Epi MspI
• Epi HpaII
• 5-hmC-Kontroll-DNA
• 5-mC-Kontroll-DNA
• Unveränderte Kontroll-DNA
• Kontroll-Primer 1
• Kontroll-Primer 2
• Wasser, nukleasefrei
• Detailliertes Protokoll